綜觀本年度非營業基金附屬單位預算之編製內容，大體而言，均能配合政府之施政重點辦理。茲將其預計辦理項目，摘要列述如次：
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一)維持經濟穩定成長：本年度中美經濟社會發展基金預計提供興達發電廠增建複循環機組發電工程、臺北區自來水第五期建設給水工程及青年創業等貸款，以協助推動國家經濟建設；經濟發展基金辦理各項睦鄰活動及捐助地方建設業務，以促進電源開發順利進行，管理及維護57個工業區及推動加工出口區轉型，改善多項投資環境，擴大營運空間等；國軍退除役官兵安置基金生產農業及工業產品與提供技術及勞務服務等；農業平準基金辦理稻穀收購55萬4,447公噸與糙米銷售53萬5,500公噸，及補助漁產生產以穩定農漁產品價格；農產品受進口損害救助基金針對國產主要農產品及其可替代產品，因進口遭受損害，採取救助措施，以維持農業經濟之穩定成長。(
二)加速推動經濟自由化、國際化：經濟發展基金將積極辦理雙邊經濟合作會議，加強國際經貿交流，拓展國際市場，並輔導產銷業者實施有計畫之輸出及改進外銷產品品質。(
三)促進產業升級：行政院開發基金投資24億0,200萬元及貸款177億4,900萬元，提供產業升級及改善產業結構有關之重要生產事業所需資金；科學工業園區管理局作業基金提供園區事業倉儲運輸、污水與廢棄物處理、出租資產等各項服務，並繼續辦理新竹科學園區（第三、四期）擴建計畫及台南科學園區開發計畫，以創造高科技產業發展之優良工作與生活環境。(
四)加速推動公共建設：經濟發展基金配合亞太營運中心計畫設置倉儲轉運專區，預期加工出口區轉型後，將擴大現有功能，促使產業升級，邁向國際化。(
五)建立快捷國內外運輸網：交通建設基金辦理國內各機場與國道全線之興建、維護與管理，提供各機場旅客服務及導航設備服務，並執行高速公路車輛通行收費；另加速助航設施改良擴充，及中山高速公路楊梅高雄段拓寬工程、第二高速公路後續建設與北宜高速公路等計畫之興建。(
六)規劃科技資源有效運用：國軍生產及服務作業基金將發展國防科技累積之技術、經驗、人力及設備，轉換為民間產業急需之技術，本年度預計執行19項研發計畫；國家科學技術發展基金則提供科技研發單位所需之共用設施，以營造有利於科技研發之大環境。(
七)建立高科技發展體系：國家科學技術發展基金繼續執行電信國家型計畫、農業生物技術國家型計畫及產學合作研究計畫，並積極延攬及培育科技人才，推動國際科技合作。(
八)運用科技引領國家現代化：經濟發展基金推動能源科技研究，本年度預計執行16項研發計畫，開發33項技術及移轉47家業界應用；國家科學技術發展基金支援學術研究機構，從事專題計畫研究，本年度預計支援88所公私立大學院校、95個研究機構及59所公私立專科學校。加強維護社會治安：國軍生產及服務作業基金、法務部監所作業基金，為配合政府行刑政策，提供各監所之收容人以勞動方式參與作業，使其養成勤勞習性，並訓練其謀生技能，俾重返社會或軍中後，能適應正常生活。
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一)健全社會福利：中央公務人員購置住宅貸款基金輔助公教人員自購住宅5,600戶、集體興建公教住宅400戶；營建建設基金提供省市政府興建國宅貸款83億0,920萬元，協助省市政府辦理貸款人民自購住宅，支應利息補貼7億元；國軍官兵購置住宅貸款基金補助有眷無舍官兵貸款2,000戶；就業安定基金辦理勞工托兒安老服務，加強輔助勞工休閒設施更新與安全衛生宣講，及加強職業病預防等。(
二)提升醫療保健服務：國軍生產及服務作業基金、國立大學校院校務基金及榮民醫療作業基金，為配合全民健康保險政策之施行，加強對全民之醫療服務與照顧，本年度預計診療門診病患1,185萬6,693人次、住院病患476萬1,741人日；醫療發展基金提供醫院新建、擴建及整（修）建7,522床，新建診所80所，購置腫瘤治療設施3套及醫院附設護理之家500床等之貸款利息補貼，並補助4家中重度相關醫療院所之醫療設備費，以改善醫療資源缺乏地區之醫療設施。(
三)促進國土資源有效利用：國軍官兵購置住宅貸款基金及國軍老舊眷村改建基金辦理國軍老舊眷村改建工程計畫，重建81處基地，規劃興建眷宅5萬2,046戶；國軍老舊營舍改建基金配合都市發展，辦理老舊營舍整建，改善官兵生活設施，提高生活品質。(
四)均衡城鄉發展：營建建設基金繼續辦理淡海、高雄二處新市鎮各項開發工作，以促進區域均衡發展。(
五)加強生態保育：國軍退除役官兵安置基金及國立大學校院校務基金辦理各經管森林遊樂區林相改良與景觀維護，以確保自然生態景觀；農業綜合基金補助辦理野生動植物及自然景觀之經營管理與人才培育，並推動生物資源調查保育研究等。(
六)改善生活環境：空氣污染防制基金運用空氣污染防制費，改善空氣品質，以維護國民健康，保護生活環境；本年度主要辦理固定污染源管制、移動污染源管制、空氣品質監測、推動都市綠化與空氣品質淨化區之設置，及執行空氣品質改善維護計畫等。(
一)推動教育改革：國立大學校院校務基金執行國家高等教育發展政策，培養高級人才，本年度預計培育學生21萬2,690人；國立中正文化中心作業基金辦理中外戲曲、舞蹈、音樂節目250場，舉辦表演藝術講習會12場，演藝研究與出版5萬8,500本，藉以培養表演藝術人才，拓展社會藝術教育，提升表演藝術水準。(
二)加強人力培訓：國立大學校院校務基金及榮民醫療作業基金加強教學管理，培訓各類醫事人才，並選派優良醫師、護理、技術人員出國進修與參加國際會議，以獲取醫學科技新知，繼續推動醫學研究發展；經濟發展基金培訓專業貿易人才及辦理貿易推廣教育；國軍退除役官兵安置基金繼續辦理榮民職業訓練9,300人及榮民外介就業4,500人，以培養其職業技能，增加就業機會；就業安定基金辦理職業訓練、技能檢定、就業服務等，以促進國民就業。循序發展兩岸關係：經濟發展基金規劃兩岸經貿交流及兩岸經貿商情之研析與因應；文化建設基金協助辦理兩岸文化藝術活動及專業人才交流；中華發展基金繼續增進兩岸專業人士及青年學生交流，兩岸資訊流通，結合及協助民間辦理各項兩岸交流活動等。
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一)積極參與國際組織：經濟發展基金積極推動加入國際經貿組織，並參與國際經貿組織活動。(
二)建立高效率常備部隊：國軍生產及服務作業基金充分運用國防科技研發及產製能量，生產國軍所需兵工類產品429項，並結合民間企業發展自立自主之國防工業；國軍老舊營舍改建基金執行博愛專案，將國防部及空軍總部遷建大直要塞區，以應平時及戰時需要。(
一)非營業基金設置之檢討與改制：本年度非營業基金經檢討簡併如下：
1.
行政院環保署主管之空氣污染防制基金原編製單位預算，經考量該基金常受外在環境及市場變化影響，業務量難以確實掌握，為免造成其業務推動之障礙，故自本年度預算起，改為編製附屬單位預算。2.
經濟部主管之能源研究發展基金原編製單位預算，因與促進經濟發展息息相關，故自本年度預算起，併入作業性質相近之經濟發展基金項下，並編製附屬單位預算之分預算。3.
財政部主管之國有財產開發基金，因營運績效欠佳，故自本年度起裁撤。4.
國防部主管之國軍醫院附設民眾診療作業基金、國防部所屬軍事監所作業基金、國軍生產作業基金、軍民通用科技發展基金及新設置之國軍服務作業基金等5單位，因均係提供國軍之生產及服務，作業性質相近，故自本年度預算起，簡併成為國軍生產及服務作業基金。5.
經濟部主管之推廣貿易基金與促進電源開發協助基金，因均與促進經濟發展息息相關，故自本年度預算起，併入作業性質相近之經濟發展基金項下。6.
交通部主管之民航事業作業基金、交通部國道公路建設管理基金及本年度新設置之高速鐵路相關建設基金與觀光發展基金，因均從事交通建設，作業性質相近，故自本年度預算起，簡併成為交通建設基金。原有臺灣西部走廊高速鐵路土地開發基金，則予併銷。7.
本年度為保育野生動植物資源及維護自然文化景觀，新成立自然生態保育基金。又為加強推動視障者之職業訓練與就業服務，新成立視覺障礙者就業基金，分別隸屬於作業性質相近之農業綜合基金及就業安定基金項下。(
二)改進補辦預算程序：非營業基金附屬單位預算之籌編至執行完畢，約需二年。該期間內，常因國內外市場狀況或經營環境之變遷，必須增加辦理若干業務，常導致原有預算內容與實際狀況脫節，造成原有預算無法或不敷支應業務變動所產生之額外經費需求，必須謀求因應之道，以免囿於既有預算，而阻礙業務推展，間而影響事業經營績效。
預算法第五十七條規定：「附屬單位預算之執行，確因市場狀況之重大變遷或業務之實際需要，報經行政院核准者，得不受第二十三條至第二十五條之限制，仍應補辦預算」，即係為因應上開需要而訂定。惟補辦預算之方式，法無明訂，八十五年度以前，各基金先行墊款辦理事項，均先以暫收、暫付及未完工程科目列帳，俟以後年度完成補辦預算程序後，始轉列正式收、支、固定資產及轉投資等科目，補辦預算之金額則直接計入補辦年度之預算數額內。導致前後年度之財務報表與一般公認會計原則不合，迭遭外界批評。
本院主計處於八十四年六月間邀集審計部及有關機關研商獲致結論，自八十六年度預算起，各項先行墊款辦理事項於實際執行後，即依一般公認會計原則以適當科目列帳列入年度決算辦理，並於補辦預算之年度，於各基金附屬單位預算書「業務計畫及預算說明」內，採專項說明方式表達，不再計入補辦預算年度之預算內。至於附屬單位預算綜計表，則於相關之綜計表或參考表，作附註說明。本年度為求進一步改進，本院主計處復於八十六年七月間再次邀集有關機關會商，獲致結論，除在各基金附屬單位預算書之「業務計畫及預算說明」下作專項說明，並增列「補辦預算明細表」外，同時在本綜計表「總說明」內，增加本項補辦預算改進程序之說明，並在本綜計表之個別基金說明內之「三、本年度業務計畫及預算」項下，增加「
(三)補辦預算」一項，針對各基金補辦預算之項目及內容，作較為詳細之交代與說明。